Bắt đầu từ năm 1969, Miyazaki đã bắt đầu minh hoạ cho một vài bộ manga như Chú mèo đi hia (Nagakutsu wo Haita Neko). Tác phẩm chính của ông ở thể loại này là phiên bản manga của bộ phim Nausicaä của Thung lũng gió, 7 tập của bộ manga này được ông sáng tác từ năm 1982 đến năm 1994 đã bán được 2 triệu bản trên toàn Thế giới. Các bộ manga khác có thể kể tới là Sabaku no Tami, Shuna no Tabi, Zassō Nōto và Thời đại của những chiếc thuyền bay - The Age of the Flying Boat, tác phẩm tạo nên cơ sở cho bộ phim của Miyazaki Porco Rosso.